A história do anime foi modificada para ser adaptada às características e necessidades do jogo.

    A história do jogo se inicia anos após o tempo do anime. No jogo, as grandes nações mantiveram a aliança criada durando a guerra e Naruto era o líder da aliança.    Após a morte de Naruto, um conselho que continha membros de todas as grandes vilas shinobis se reúne...